W styczniu 2004 roku Lisa odsunięto od prowadzenia Faktów po tym, jak tygodnik Newsweek zamieścił sondaż o szansach w wyborach prezydenckich uwzględniający Lisa. Według zarządu TVN swymi działaniami w innych mediach doprowadził on do kryzysu zaufania w relacjach z kierownictwem stacji. Ostatecznie Lisa zwolniono w lutym 2004 r.
Tomasz Lis złożył pozew w sądzie pracy przeciw TVN, domagając się odszkodowania za wadliwe rozwiązanie umowy o pracę. Zapowiadał, że przeznaczy odszkodowanie na cele społeczne i edukacyjne.
Adam Pieczyński, dawny przełożony Lisa, zeznając jako świadek pozwanych powiedział, że przyczyną rozwiązania umowy z Lisem było naruszenie przez niego umowy, która zakazywała mu – bez wiedzy i zgody stacji – wystąpień publicznych. Pytany, o jakie wystąpienia chodzi, wskazał na działalność Lisa w radiu TOK FM, wydanie przez niego książki, publiczne spotkania z czytelnikami i publikację w Newsweeku. Pieczyński podkreślił, że Lis nigdy nie występował do niego o zgodę na te działania.
W kwietniu 2004 r. sąd, bez postępowania dowodowego, uznał, iż wypowiedzenie umowy było formalnie wadliwe i przyznał dziennikarzowi prawie ćwierć miliona zł odszkodowania. Po apelacji TVN sąd wyższej instancji uchylił jednak w grudniu 2004 r. ten wyrok, uznając, że TVN była pozbawiona możliwości obrony swych praw.
Do ugody doszło w ubiegły piątek przed warszawskim sądem pracy. Do sądu nie przyszedł jednak ani Lis, ani nikt z zarządu TVN. Ich interesy reprezentowali adwokaci. Sąd zaznaczył, że żadna ze stron nie chciała, by treść ugody trafiła do wiadomości publicznej i utajnił warunki, na jakich ugoda została zawarta. Nie wiadomo więc ile – i czy w ogóle – TVN zapłaci Lisowi.
Reprezentujący Lisa mec. Tomasz Sójka powiedział jedynie dziennikarzom, że jego klient zgodził się na ugodę, bo chciał definitywnego zakończenia sporu.
