Podczas uroczystej prezentacji monet w dniu 28 czerwca, w obecności Nuncjusza Apostolskiego arcybiskupa Józefa Kowalczyka i prezesa NBP Leszka Balcerowicza, została ogłoszona informacja o rozpoczęciu licytacji trzech wyjątkowych kompletów, przygotowanych przez NBP. Każdy komplet zawiera dziewięć monet z wizerunkiem Jana Pawła II, wyemitowanych w XXI w. Dochód z aukcji tych kompletów ma wesprzeć Program stypendialny, prowadzony przez upamiętniającą dzieło i nauczanie Papieża Fundację „Dzieło Nowego Tysiąclecia”.
Aukcja, która odbywa się w internecie pod adresem www.aukcjamonet.onet.pl, rozpoczęła się 29 czerwca o godz. 12.00 i zakończy się 9 lipca o godz. 12.00. Cena wywoławcza jednego kompletu wynosiła 5 000 zł. Już po 24 godzinach cena pierwszego zestawu osiągnęła kwotę 11.111 zł, a strona aukcji była wyświetlona ponad 10 000 razy.
Partnerami NBP w realizacji tego przedsięwzięcia są: Onet.pl, Polskie Radio Program I, Rzeczpospolita i Tygodnik Powszechny.
Monety wystawione na aukcję spoczywają w eleganckich dębowych etui wyłożonych profilowanym pluszem w kolorze kremowym. Na umieszczonych w pudełkach tabliczkach dębowych widnieje inskrypcja „Jan Paweł II na polskich monetach 2002 – 2005”, dyskretne logo NBP oraz numer zestawu: 01, 02 lub 03.