W kolejnej serii bohaterów sekretnego miasta czekają nowe wyzwania. Z Ministerstwa Obrony do Global Dynamics przejdzie bezwzględna Eva Thorne, która zajmie się nadzorowaniem działalności instytucji, a Henry Deacon z powodu złamania zabezpieczeń firmowych trafi do więzienia.
Trzeci sezon „Eureki” zadebiutuje na antenie Canal+ 8 stycznia 2009 r. o godz. 21.50.