O tym, że Subotic podczas swojej pracy w TVP w latach 80. współpracował z wojskowymi służbami PRL, napisały sobotnie wydania Rzeczpospolitej, Życia Warszawy i Dziennika.
Według informacji z pochodzących z IPN, Subotic (TW „Milan”) współpracę z wywiadem rozpoczął w 1984 roku, jednak pierwsze rozmowy jej dotyczące dziennikarz przeprowadzał już na przełomie 1980 i 1981 roku. Do pracy w TVP miał zostać przyjęty po osobistej interwencji ówczesnego szefa telewizji, płk. Wojciechowskiego, ponieważ formalnie brakowało etatów. Zajmował się rozpracowywaniem środowiska TVP, cudzoziemców utrzymujących kontakt ze stacją, a także informowaniem o nastrojach w pracy.
W związku z publikacjami Zarząd TVN wydał specjalne oświadczenie, w którym czytamy, ‘iż zbada wnikliwie wszelkie dokumenty dotyczące współpracy Milana Suboticia ze służbami specjalnymi w okresie istnienia PRL.’ Komunikat głosi, że władze stacji krytycznie oceniają pracę dziennikarza w Dzienniku Telewizyjnym w latach 80., a współpracę ze wywiadem PRL uważają za naganną.
Życie Warszawy w swoim artykule zasugerowało również, że Subotic został przejęty przez WSI i po 1989 roku kontynuował współpracę ze specsłużbami, jednak dokumenty na ten temat pozostają nadal tajne. Wedug Zarządu TVN, ewentualna sprawa współpracy Subotica z WSI jest w najistotniejsza. – Ocena działalności Milana Suboticia w wolnej Polsce będzie podstawą do podjęcia ewentualnych decyzji personalnych – czytamy w oświadczeniu stacji.
Telewizja w swoim komunikacie zwraca również uwagę na to, że ‘będąc w TVN Milan Subotić wykazał przez ostatnie 9 lat obiektywizm i bezstronność. Jego profesjonalizm podkreślali i podkreślają wszyscy pracujący z nim dziennikarze.’
Pierwsza o sprawie agenturalnej przeszłości Subotica napisała na początku października Gazeta Polska. W artykule zasugerowano, że współpraca sekretarza programowy TVN ze służbami specjalnym mogła mieć wpływ na program 'Teraz My’, w którym ujawnione zostały taśmy z rozmów Renaty Beger z politykami PiS.
Gazeta Polska nie przedstawiła jednak dowodów, a sam Subotic zaprzeczył zdecydowanie tym zarzutom. W reakcji na artykuł TVN wytoczył Gazecie proces, a dziennikarze ‘Teraz My’ oświadczyli, że sekretarz programowy nie wiedział nic na temat nagrań, które planowali ujawnić podczas audycji. Sam Subotic do czasu wyjaśnienia sprawy został zawieszony w obowiązkach.