Borkowski otrzymał wypowiedzenie w marcu 2007 roku w ramach zwolnień grupowych w Polskim Radiu, które objęły blisko 300 osób. Sąd uznał, że jego zwolnienie miało podłoże polityczne i nie było uzasadnione zmianami organizacyjnymi w IAR.
Według informacji Gazety Wyborczej, warszawski sąd rejonowy zdecydował, że Mariusz Borkowski ma zostać przywrócony na stanowisko, a w ramach rekompensaty otrzyma odszkodowanie o wartości 14 dyrektorskich pensji – za cały okres zwolnienia.
