Po rozpoczęciu działalności przez Urząd Komunikacji Elektronicznej najważniejsze było zapewnienie pełnomocnictw procesowych oraz upoważnień do bieżącej działalności, tak aby nie było żadnych zakłóceń i opóźnień (UKE wydaje setki drobnych decyzji tygodniowo), a także zapewnienie środków finansowych, zawarcie umów z bankami i zapewnienie funkcjonowania kont. Zarówno numery kont bankowych, jak i REGON oraz NIP Urzędu pozostały niezmienione.
Wydawane są bez przeszkód wszystkie decyzje bieżące, w tym rezerwacje częstotliwości nie wymagające drogi przetargowej, pozwolenia radiowe, decyzje numeracyjne. Korespondencja kierowana do urzędu jest rozpatrywana bez żadnych opóźnień, tak samo jak wnioski konsumentów o przeprowadzenie mediacji z operatorami. Prowadzone są normalnie wszystkie postępowania administracyjne.
Pełniąca obowiązki Prezesa UKE podpisała w dniu 19 stycznia 2006 r. nowy regulamin organizacyjny UKE. Dokument ten musiał być przyjęty w związku ze zmianami wprowadzonymi statutem oraz koniecznością rozdzielenia między departamenty nowych kompetencji UKE, przewidzianych tzw. ustawą medialną.
Obecnie jednostki organizacyjne UKE przygotowują wewnętrzne regulaminy organizacyjne i opisy stanowisk. Niektóre kluczowe departamenty pełniące funkcje regulacyjne otrzymały nowe kierownictwo wybrane spośród młodych, ale mających kilkuletnie doświadczenie pracowników UKE (pracujących w Urzędzie od 2000 r.). Należy mieć nadzieję, że zapewni to jakościową zmianę w funkcjonowaniu Urzędu.
W nowych departamentach powołano pełniących obowiązki wicedyrektorów, nie powołano natomiast pełniących obowiązki dyrektorów – pozostawiając to przyszłemu Prezesowi UKE, który powinien mieć możliwość wyboru najbliższych współpracowników.
Dyrektorzy departamentów i biur oraz dyrektorzy oddziałów okręgowych otrzymali niezbędne upoważnienia, w tym do czynności związanych z prowadzeniem przetargów na sieci radiowego dostępu szerokopasmowego do Internetu (Wi-Max). Zapewniono także funkcjonowanie Komisji Przetargowej GSM 1800. Dodatkowo oddziały okręgowe otrzymały nowe trudne zadania, przede wszystkim z zakresu ochrony konsumentów (prowadzenie postępowań mediacyjnych), które powinny być realizowane jak najbliżej obywatela. Sprawy sporne toczące się w Urzędzie pozostają pod osobistym nadzorem p.o. Prezesa UKE.