Rada programowa jest organem doradczym i opiniodawczym w sprawach związanych z działalnością statutową Centrum. Minister Kultury powołał w jej skład – na czteroletnią kadencję (październik 2005 – październik 2009) pięć osób:, prof. Krzysztofa Pendereckiego, prof. Henryka Mikołaja Góreckiego, Elżbietę Markowską, prof. Teresę Małecką i prof. Henryka Tomaszewskiego.
Przedmiotem działalności Europejskiego Centrum Muzyki Krzysztofa Pendereckiego w Lusławicach jest wybudowanie Centrum i sali koncertowej, jak też działalność statutowa – m.in. kształcenie najbardziej uzdolnionych młodych muzyków z całego świata do osiągnięcia pełnej dojrzałości muzycznej oraz organizowanie w Centrum spotkań utalentowanych, młodych muzyków, pedagogów i profesorów w dziedzinie nauk humanistycznych, którzy będą dzielić się doświadczeniami i wspólnie uczyć się i studiować w duchu środkowo-europejskiej tradycji muzycznej.
Do głównych zadań Rady należy opiniowanie projektów jednorocznych i wieloletnich działania Centrum, jak też projektów finansowych na każdy rok.